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Sapphire文献分享|SARS-CoV-2-PLpro蛋白酶的活性分析提供了抗COVID-19药物设计的结构框架

2020年4月29日,由Wioletta Rut, Mikolaj Zmudzinski等人在bioRxiv期刊发表了《Activity profiling of SARS-CoV-2-PLpro protease provides structural framework for anti-COVID-19 drug design》的文章,文中使用Sappphire对B-Ub-VME标记SARS-CoV和SARS-CoV-2-PLpro蛋白进行扫描成像,并使用Azure spot软件进行数据分析。

文章摘要

病毒蛋白样半胱氨酸蛋白酶(PLpro, NSP3)是SARS-CoV-2抗病毒药物研发的一个潜在靶点,有助于药物研发,在这里,我们使用含有天然和多种非蛋白质的组合底物文库,并对SARS-CoV-2-PLpro进行了全面的活性分析。我们发现SARS-CoV-2-PLpro的P2位点对Gly具有高度特异性,P3位点表现出很高的非特异性,P4位点优先显示结合具有疏水性的氨基酸侧链。

我们还证明了SARS-CoV-2-PLpro具有去泛素化活性,底物结合特征曲线和去泛素化活性高度相关。在定位扫描的基础上,我们设计了最佳的荧光基质和不可逆抑制剂,研究SARS PLpro变体对其他蛋白酶的选择性。总之,这项工作揭示了控制PLpro底物特异性的分子规则,并为开发具有潜在治疗价值的药物提供了框架。

文中使用Sappphire对B-Ub-VME标记SARS-CoV和SARS-CoV-2-PLpro蛋白进行扫描成像,并使用Azure Spot软件进行数据分析。

原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.29.068890v1