不能错过的引物设计软件和在线网站(附链接）

PCR（聚合酶链式反应）是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术，其最大的特点是能将微量的DNA大幅增加。作为科研路上打怪升级的初级关卡，PCR可以说是重点中的基本，基本中的重点。对于实验室萌新来说，它很神秘；对于实验室老手来说，它很easy。那为什么老手们做起来不那么费力呢，主要他们把握住了PCR实验的关键--引物设计。

引物设计很大程度上决定了PCR实验的难易程度，现在也有很多的引物设计软件各显神通可快速帮助大家设计好引物。小编在这里搜集了一些引物设计软件和在线网站，分享给每一位有需要的小伙伴们。

引物设计软件

1.Primer Premier

Primer Premier软件的主要功能分四种，即GeneTank（序列编辑）、Primer（引物设计）、Align（序列比较）和Enzyme（酶切分析）。利用它的高级引物搜索、引物数据库、巢式引物设计、引物编辑和分析等功能，可以设计出有高效扩增能力的理想引物，也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列。

中文版使用手册链接：

https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/16260163

Primer Premier软件链接：

https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/33588285keywords=Primer+Premier%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E4%B8%8B%E8%BD%BD。

2.Oligo7

该软件主要应用于核酸序列引物分析设计，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列。其主要功能包括：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。

Oligo7软件链接：

https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/16260163

中文版使用手册链接：

https://wenku.baidu.com/view/202e54ea74a20029bd64783e0912a21614797fb6.html?fr=search-4-income1-psrec1&fixfr=L9XRL%2FuWrBjHS0IcsJ%2BCgQ%3D%3D

3.Beacon Designer

Beacon Designer适用于所有的qPCR分析，可成功设计SYBR Green引物、TaqMan®探针、HRMA引物、MethyLight TaqMan®、LNA™ spiked TaqMan®、用于标准和NASBA®检测的分子信标、Scorpions®和FRET探针等，功能十分强大。

Beacon Designer 软件链接：

https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/40255439

使用手册链接：

https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/22374814

4.circPrimer

CircPrimer用于注释circRNA和设计circRNA引物及特异性的软件。CircPrimer软件及使用手册链接：http://www.bioinf.com.cn/?p=1

在线网站

1.Gene-π

Gene-π作为数字PCR学习交流平台，由法国Stilla Technologies公司开发。协助客户全方位解读数字PCR技术，实现从新手到专家的进阶，适用于所有对数字PCR技术感兴趣的小伙伴们。同时提供引物探针设计及数字PCR技术的基本知识指南。

链接：https://www.gene-pi.com/

2.Primer3 Plus

Primer3是一个非常简单却高效的在线引物设计网站。只需在目标序列中粘贴DNA序列后点击搜索即可。可通过对产物大小、引物大小、Tm范围和其他参数的设置来筛选引物。

链接：http://www.primer3plus.com/

3.NCBI的Primer-Blast

Primer-Blast是用于引物特异性的在线验证。

链接：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

4.Primerbank

PrimerBank是PCR引物的公共资源。这些引物设计用于基因表达检测或定量（实时PCR）。包含超过306,800个引物，涵盖了最著名的人类和小鼠基因。

链接：http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

Primer3 Plus、Primer-Blast和Primerbank的使用请查看此文章链接：

http://www.pinlue.com/article/2019/03/2916/078478362730.html

5.ICG（internal control genes）

ICG是基于Wiki的内部控制基因（或参考基因）知识库，用于多种物种的RT-qPCR标准化。ICG从大量文献中精选的内部控制基因进行全面集合，并为模式和非模式生物提供合适的内部控制基因。

链接:http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page

不管通过哪种途径设计引物探针，也只是进行参数上的评估，真实的扩增效率及性能仍需通过实验来进行验证，所谓“实践是检验真理的唯一标准”。想要快速获得可靠的引物探针可以从师兄师姐们的手中获取资源，或查阅相关文献，文献中的引物都是经过作者验证和期刊评审机构核实过的，可能给您带来理想的实验结果。

最后，实在设计不出来还可以通过生物公司来帮忙，深蓝云生物可为大家提供全面的技术支持和完整的解决方案。除此之外，深蓝云还为大家提供新型的实时荧光定量PCR系统，卓越优异的产品性能保证您获得真实可靠的实验数据。