32种EGFR基因突变多重数字PCR检测—超多重超灵敏EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica^®6色微滴芯片数字PCR系统上实现cfDNA样本的超多重分析：

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit使用TaqMan™ 探针技术用于检测8个点突变，同时使用drop-off方法检测24个19外显子缺失和20外显子插入（图1）。

图1. EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit探针设计，包含TaqMan™探针在每个Exon的位置和标记染料

应用亮点：

☑ EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit单孔实验可靠高灵敏的检测32种的EGFR体细胞突变，包含常见的、稀有的活化突变和耐药突变。

☑ EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit可在naica^®6色微滴芯片数字PCR系统上进行超敏且稳定的EGFR突变检测，不同位点的检测限LOD在0.30 - 0.46 cp/µL之间。

☑ 使用Crystal Miner软件和定制EGFR 6色数据分析模板可快速、直接分析NSCLC患者cfDNA样本。

单孔检测NSCLC样本中>90%的EGFR突变：

液体活检是对非固体生物样本的取样和分析，最常见的是血液。液体活检是一种微创和直接的采样方法，可以克服肿瘤的异质性，使用循环肿瘤DNA（ctDNA），用于肿瘤生物标志物分析。

ctDNA检测需要一种高灵敏度和高可靠性的检测技术，以精准定量在高背景野生型基因中较低水平的突变基因。数字PCR已成为下一代液体活检分析的强大技术。

法国Stilla Technologies的naica^®6色微滴芯片数字PCR系统是一种超灵敏的数字PCR技术，能够同时准确地定量单个样本中的大量生物标志物，简化检测过程，最大限度地减少检测差异，并显著缩短实际操作时间。

非小细胞肺癌（NSCLC）是全球癌症高死亡率的主要原因。表皮生长因子受体（EGFR）突变是NSCLC中众所周知的致病变异。超多重EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit 可以使用循环游离DNA（cfDNA）检测NSCLC中90%以上的EGFR突变，包括外显子18、19、20和21中32个常见的、稀有的活化位点和耐药位点（表1）。

表1EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit检测EGFR突变

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica^®6色微滴芯片数字PCR系统上实现超灵敏检测

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit适用于高灵敏naica^®6色微滴芯片数字PCR系统。为确定各EGFR靶点的检测灵敏度，空白限LOB和检测限LOD的测定参照美国临床实验室标准协会(CLSI) EP17-A2标准(Protocols For Determination Of Limits Of Detection And Limits Of Quantitation; Approved Guideline)。EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit检测EGFR突变的空白限LOB范围0.06 - 0.17 copies /µL之间，检测限LOD范围0.30 - 0.46 cp/µL（表2）。

表2. 根据CLSI EP17-A2标准测定EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ kit的LOB和LOD（Sapphire芯片，反应体系中的拷贝数cp/ul）

为了评估EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit的灵敏度，在120 cp/µL野生型EGFR DNA 的背景下，采用线性梯度检测方法检测EGFR Exon19号外显子缺失、Exon20号外显子插入、L858R、G719A、L861Q、T790M、C797S（GC）和C797S（TA）突变，浓度从64 cp/µL稀释到到0.25 cp/µL(图3)。EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit可超敏且稳定的检测出所有突变。

图3.在野生型EGFR 120 cp/µl(3000copies每25µl)的背景下，测定EGFR Exon19号外显子缺失、Exon20号外显子插入、L858R、G719A、L861Q、T790M、C797S (GC)和C797S (TA)突变（理论浓度64cp/µl、32 cp/µl、16 cp/µl、8 cp/µl、4cp/µl、2 cp/µl、1 cp/µl、0.5 cp/µl和0.25 cp/µl）。使用合成的Ultramer™突变DNA模板(大小从97到124个核苷酸)和野生型人类基因组DNA。图中显示的是每个突变的≥三次重复的平均值和标准误差。

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica^®6色微滴芯片数字PCR系统上具有超高重复性

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit批间检测高度重复，不同目标基因定量检测的RSDs(相对标准偏差)范围为4.5 ~ 8.6% (N = 12)（图4）。

图4.  EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ kit的批间重复性。通过用EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit比较12个不同批次(N = 12)中1个阳性对照样品获得的结果测定批间重复性

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica^®6色微滴芯片数字PCR系统上具有超高特异性

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit具有高特异性，无假阳性出现（表3）。

表3  使用EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit在naica^®6色微滴芯片数字PCR平台进行特异性检测。

使用合成的Ultramer™突变DNA和野生型人类基因组DNA作为模板进行重复反应

EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit与Crystal Miner软件结合提供的数据分析模板直接生成2D图(图5)，并快速获得高度一致的结果。

图5. 使用Crystal Miner软件和个性化的EGFR 6-color Crystal Digital PCR™ Kit分析模板分析L858R和T790M阳性的NSCLC cfDNA样本的示例。cfDNA样本在预期结果和测量结果之间显示出完美的一致性。x轴和y轴对应相应通道的荧光强度

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naica️^®六色微滴芯片数字PCR系统开放试用，大家可以拨打电话010-57256059或者官网官微申请，诚挚邀请您到Stilla数字PCR中国技术示范与服务中心参观，期待与您相见。

naica^®六通道微滴芯片数字PCR系统

法国Stilla Technologies公司naica^®六通道微滴芯片数字PCR系统，源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术，自动化微滴生成和扩增，每个样本孔可实现6荧光通道的检测，智能化识别微滴并进行质控，3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。