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naica®微滴芯片数字PCR系统精准检测不同西瓜种质之间CITST2基因拷贝数的差异

导读

西瓜 (Citrullus lanatus, 2n=22)是世界第三大水果,是世界各地种植的重要经济作物,也是一种受欢迎的新鲜水果,含有糖、番茄红素和瓜氨酸等有益人体健康的化合物。研究人员通过杂交开发了大量西瓜品种以满足消费者的偏好。但长期栽培和对果实品质性状的筛选,不同地理区域采集的栽培西瓜显示出较低的遗传多样性,因此需要更多的遗传种质资源用于可持续生产西瓜的创新品种。

参考基因组对于性状和基因发现是必不可少的。西瓜基因组测序工作始于十几年前。除西瓜基因组初稿外,自2019年以来已经发布了三个高质量的西瓜参考基因组。然而,每个基因组仍然不完整,存在许多空白。高质量的参考基因组与从相同遗传库产生的突变体数据相结合,将有助于发现和分离遗传和育种所需的突变体。无缺口参考基因组是基因组组装的最终目标,为识别“暗物质”区域中的独特基因和结构变异带来了新的机会。

北京大学高等农业科学研究所科研人员在Molecular Plant(最新JCR分区Q1,影响因子21.9496)上发表了题为《A telomere-to-telomere gap-free reference genome of watermelon and its mutation library provide important resources for gene discovery and breeding》的文章。研究者使用西瓜优良近交系G42组装了一个T2T(telomere-to-telomere)无缺口参考基因组,弥补了当前可用参考基因组中所有剩余的组装缺口。通过基因组信息比对识别了甜西瓜种质中一个包含ClTST2(液泡膜糖转运蛋白)基因的17.5 kb串联重复序列(sv04611)。该研究应用naica®微滴芯片数字PCR系统对西瓜CITST2基因的拷贝数进行检测,证实了不同西瓜种质之间CITST2基因拷贝数存在差异,甜西瓜种质中CITST2基因的拷贝数增加可能是造成糖含量增加的原因。


应用亮点:

▶  使用naica®微滴芯片数字PCR系统对甜西瓜和不甜西瓜种质之间CITST2基因拷贝数的差异进行准确定量。

▶ 甜西瓜和不甜西瓜种质中CITST2基因分别为两个拷贝和单个拷贝。

▶ CITST2基因的拷贝数变异可能会改变西瓜糖含量。

G42基因组组装比其他参考基因组组装具有更高的完整性和准确性,为更准确地描述基因结构变异(SVs)提供了更多的数据支撑。数字PCR技术已被证明可以灵敏可靠地检测拷贝数变异的核酸绝对定量工具。该研究采用naica®微滴芯片数字PCR系统精确定量不同西瓜种质之间CITST2基因拷贝数的差异,验证了无缺口参考基因组识别SVs的准确性。


研究成果:

本研究成功组装出G42 西瓜的T2T无缺口参考参考基因组,包括所有22个端粒和11个着丝粒的信息。利用无缺口参考基因组数据,研究者识别了甜西瓜种质(97103和G42)sv04986结构中一个包含ClTST2基因的17.5 kb串联重复序列(sv04611)。这是不甜西瓜种质(PI 595203和PI 296341-FR)基因组中不存在的。ClTST2基因编码一种定位于液泡的糖转运蛋白,其表达与西瓜果肉中的糖积累呈正相关。

▲图1. (A)sv04986 结构在甜西瓜(97103和 G42)和不甜西瓜(PI 595203和PI 296341-FR)种质中含有 ClTST2 基因。甜西瓜种质中存在一个17.5kb的串联重复序列sv04611,包含2bp的CA插入突变。红色箭头代表引物 ClTST2-R8/ClTST2-F3的位置。(B)使用ClTST2-R8/ ClTST2 -F3 引物扩增四个西瓜种质DNA 样本的结果。

随后作者使用naica®微滴芯片数字PCR系统对甜西瓜和非甜西瓜种质之间CITST2基因拷贝数的差异进行了准确定量。FAM通道仅能检测到存在CA插入突变的区域。HEX通道用于检测ClTST2基因。CY5通道检测的是西瓜中的单拷贝内参基因Actin。当CITST2基因为双拷贝时,FAM/HEX/CY5拷贝数比约为1:2:1。当CITST2基因为单拷贝时,FAM/HEX/CY5拷贝数比约为0:1:1。数据显示两个不甜西瓜的种质仅包含单拷贝CITST2基因,而甜西瓜种质在包含两个拷贝CITST2基因。

▲表1.利用dPCR技术估算甜和不甜西瓜种质中CITST2基因拷贝数


原文链接如下:https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(22)00192-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS1674205222001927%3Fshowall%3Dtrue


期刊介绍:

Molecular Plant (《分子植物》)是由中科院上海生命科学研究院植物生理生态研究所(IPPE)与中国植物生理与植物分子生物学学会(CSPP)主办,中科院上海生命科学信息中心生命科学期刊社承办的学术期刊,创刊于2008年。2022最新JCR分区Q1,影响因子21.9496。